امّا یونس خواست که از حضور خداوند فرار کند. پس به بندر یافا رفت و در آنجا یک کشتی دید که عازم اسپانیا بود. یونس کرایه خود را داد و با ملوانان سوار شد تا به اسپانیا رفته و از خداوند دور گردد.
ملوانان ترسیدند و هرکدام نزد خدای خود فریاد میکرد و کمک میطلبید. سپس برای اینکه کشتی را سبک کنند، بارهای کشتی را به دریا انداختند. در این هنگام یونس در پایین کشتی دراز کشیده و به خواب سنگینی فرو رفته بود.
پس به پیشگاه خداوند دعا کرده گفتند: «ای خداوند، ما را بهخاطر این مرد هلاک نکن و ما را مسئول مرگ او نساز، چون ما گناهی نداریم، بلکه همهٔ این وقایع طبق ارادهٔ تو بوده است.»